Desa Pekandangan Jaya memiliki sarana pendidikan yang cukup lengkap, mulai dari jenjang dasar hingga pendidikan berbasis keagamaan. Terdapat sekolah-sekolah seperti SD Negeri Pekandangan Jaya serta lembaga pendidikan diniyah yang mendukung kegiatan belajar anak-anak di tingkat dasar. Selain itu, berdiri pula Pondok Pesantren Nahdlotul Mubtadiin Al Islamy, yang menjadi pusat pendidikan agama sekaligus pembinaan karakter bagi para santri. Pesantren ini terus berkembang dengan program penguatan hafalan Al-Qur’an, kegiatan tadarus keliling, serta pengembangan asrama santri dan fasilitas belajar yang lebih modern. Kehadiran lembaga-lembaga ini menjadikan Desa Pekandangan Jaya sebagai salah satu desa dengan potensi pendidikan dan keagamaan yang kuat di wilayah Indramayu.